دانشكده ادبیّات و علوم انسانى دانشگاه فردوسى مشهد با هدف تأمین نیروى انسانى متخصّص و ماهر به عنوان دومین واحد آموزش عالى در سطح شهر مشهد با راه‏ اندازى گروه زبان و ادبیّات فارسى در سال ۱۳۳۴ هجرى شمسى تأسیس گردید. در سال بعد رشته ‏هاى زبان و ادبیات انگلیسى و زبان و ادبیّات فرانسه ایجاد شد. پس از گذشت یك سال دیگر رشته‏ هاى تاریخ و جغرافیا در این دانشكده آغاز به كار نمود. رشته زبان شناسى در سال ۱۳۴۲ فعالیت خود را آغاز نمود. در سال ۱۳۵۱ رشته زبان و ادبیّات عرب از دانشكده الهیّات به این دانشكده منتقل شد. رشته علوم اجتماعى كه به عنوان رشته ه‏اى فرعى از سال ۱۳۵۰ افتتاح شده بود از سال ۱۳۶۴ به عنوان رشته ه‏اى مستقل به پذیرش دانشجو اقدام نمود. رشته روان‏شناسى از سال تحصیلى ۱۳۵۰-۱۳۴۹ تا پایان سال تحصیلى ۱۳۵۳-۱۳۵۲ در این دانشكده دایر بوده و از سال تحصیلى ۱۳۵۴-۱۳۵۳ از این دانشكده جدا شده است.

دانشكده الهیات و معارف اسلامی دانشگاه فردوسى مشهد در سال 1337به نام دانشكده علوم معقول و منقول با دو رشته معقول (فلسفه و حكمت اسلامى) و منقول (فقه) تاسیس شده است. از سال 1348 نام این دانشكده، به الهیات و معارف اسلامى تغییر یافته و در سه رشته: فقه و مبانى حقوق‏اسلامى، فلسفه و كلام اسلامى، فرهنگ اسلامى و رابطه آن با تمدن ایرانى دانشجو پذیرفته است. افزون بر این از سال 1349 دو گروه آموزشى به نام هاى مبانى تشیع و ادیان و مذاهب، قرآن و حدیث و متون عربى به عنوان دو رشته فرعى فعالیت آموزشى داشته است.

گستردگی استان خراسان ، فراوانی جمعیت دامی ، همچنین همجواری با چند كشورهمسایه ( دارای جمعیت پرشمار دامی) از جمله مهمترین عواملی بوده اند كه موجب گردیده، از دیرباز ضرورت و اهمیت راه اندازی دانشكده دامپزشكی در این استان مطرح و مورد پیگیری قرار گیرد . این مهم در سال 1370 با تاسیس دانشكده دامپزشكی در دانشگاه فردوسی مشهد محقق گردید.تامین نیروی انسانی ماهر و متخصص جهت ارایه خدمات درمانی ، بهداشتی ،آموزشی ،در راستای كاهش ضایعات دامی آموزشی و پژوهشی درحوزه های مختلف علوم پزشكی ، خود كفایی درزمینه نیازهای پروتیینی ، بهداشت و سلامت انسان از طریق تامین و توسعه سلامت مواد پروتیینی با منشاء دامی و كنترل بیماری های مشترك انسان و دام ، مهمترین اهدافی بوده اند كه دانشكده دامپزشكی در جهت نیل به آن بنیان گذاری شده است . فعالیت های آموزشی دانشكده دامپزشكی از مهرماه 1371 با پذیرش 48 دانشجو در مقطع كاردانی و دكتری عمومی دامپزشكی آغاز شد و در حال حاضر با824 دانشجودر مقاطع دکتری عمومی و 2 رشته کارشناسی پیوسته علوم آزمایشگاهی و بهداشت مواد غذایی و 7رشته کارشناسی ارشد و 6 رشته دکتری تخصصی و 5 رشته دستیاری مشغول به فعالیت است. پذیرش دانشجو در مقطع كاردانی از سال 1380 و در مقطع كارشناسی ناپیوسته علوم آزمایشگاهی دامپزشكی از سال 1390 در دانشكده دامپزشكی متوقف شده است.اکنون در این دانشكده 56 عضو هیات علمی و 45 نفر كارشناس و كارمند در بخش های مختلف آموزشی و اداری به فعالیت مشغول می باشند . اعضای هیات علمی این دانشكده علاوه به فعالیت های آموزشی و خدماتی در انجام فعالیتهای پژوهشی نیز فعالانه مشاركت می نمایند.افزون براین اعضای هیات علمی دانشكده دامپزشكی با نهادها و سازمان های اجرایی متعدد از جمله وزارت جهاد كشاورزی ، اداره كل دامپزشكی ، موسسه تحقیقات واكسن و سرم سازی رازی و دانشگاه علوم پزشكی در اجرای طرح های پژوهشی و كاربردی علمی ومشاوره ای همكاری می نمایند.

گروه حقوق در سال 1372 با هدف‌ تأمین‌ و تربیت نیروی‌ انسانی‌ متخصص‌ مورد نیاز حقوقی منطقه وكشور در محل دانشكده‌ علوم‌ اداری‌ و اقتصادی‌ دانشگاه ‌فردوسی‌ مشهد ایجاد گردید. در سال‌تحصیلی‌ 78 رشته علوم سیاسی نیز در راستای تحقق اهداف فعالیت‌های آموزشی و پژوهشی و تربیت نیروی متخصص در این حوزه ایجاد شده و زمینه تأسیس دانشكده حقوق و علوم سیاسی مستقل را فراهم ساخت. در سال 1393 دانشكده حقوق و علوم سیاسی رسماً تأسیس گردید.این دانشكده در حال حاضر با سه گروه حقوق جزا و جرم شناسی، گروه حقوق خصوصی و گروه علوم سیاسی فعال ودر هر سه گروه در سه مقطع كارشناسی، ارشد و دكتری دانشجو می پذیرد.

دانشكده‌ علوم‌ در سال‌ 1340 تأسیس‌ شد و پذیرش‌ دانشجو در رشته‌ ریاضی‌ ـ فیزیك‌ ازسال‌ 1341 آغاز گردید. در سال‌ 1344 رشته‌ریاضی‌ ـ فیزیك‌ منحل‌ و رشته‌های‌ ریاضی‌، فیزیك‌ و شیمی‌ با پذیرش‌ 50 دانشجو در هرگروه‌ جایگزین‌ آن‌ شد. رشته‌های‌ زمین‌شناسی‌ وزیست‌شناسی‌ در سال‌ 1346 تاسیس‌ گردیدند. رشته‌ آمار كه‌ قبلاً با ریاضی‌ مشترك‌ بود در سال‌1367 به ‌طور مستقل‌ دانشجو پذیرفت‌. رشته ‌كامپیوتر در سال‌ 1368 از گروه‌ ریاضی‌ جدا شد و به‌ صورت‌ مستقل‌ تشكیل‌ و به‌ دانشكده‌ مهندسی‌ منتقل‌ گردید.

دانشكده‌ علوم‌ اداری‌ و اقتصادی‌ دانشگاه ‌فردوسی‌ مشهد در سال‌ 1367 با هدف‌ تأمین‌ و تربیت نیروی‌ انسانی‌ متخصص‌ مورد نیاز كشور در رشته اقتصاد‌، رشته مدیریت، رشته حسابداری تأسیس و سپس رشته حقوق و رشته علوم سیاسی به رشته های فوق اضافه گردید. فعالیت‌های‌ آموزشی‌ دانشكده‌ علوم‌ اداری‌ و اقتصادی‌ مشهد از مهرماه‌ سال‌ 1367 با پذیرش‌120 دانشجو در سه‌ رشته‌ی‌ كارشناسی:‌ اقتصاد بازرگانی، حسابداری‌ و مدیریت‌ بازرگانی آغاز شد.

دانشكده علوم تربیتی و روان‌شناسی دانشگاه فردوسی مشهد به عنوان مهمترین و با سابقه‌ترین نهاد آموزش عالی در شرق كشور، به منظور تأمین نیروی انسانی كارشناس، در زمینه‌ رشته های: علوم‌تربیتی، روان‌شناسی و علم اطلاعات و دانش شناسی ایجاد گردیده و تاكنون خدمات ارزنده‌ای در تأمین نیروی انسانی متخصص مورد نیاز كشور ارائه كرده است. این دانشكده هفتمین دانشكده دانشگاه فردوسی مشهد می باشد كه در تاریخ 25 مهرماه 1352 آغاز به كار نمود.

گروه ریاضی یکی از قدیمی‌ترین گروه‌های آموزشی دانشگاه می‌باشد که در سال 1341 به همت استادانی چون مرحوم دكتر اسماعیل بیگی (رئیس وقت دانشگاه مشهد) و دكتر محمد علی سعادت (اولین رئیس دانشكده علوم) به عنوان اولین رشته در دانشکده علوم تحت عنوان ریاضی – فیزیک پایه ریزی گردید. گروه ریاضی تا سال 1343 به صورت دوره¬های سه ساله در رشته ریاضی- فیزیك دانشجو تربیت می¬كرد؛ در سال 1344 این رشته به رشته ریاضی و آمار تغییر نام داد.

دانشكده‌ تربیت‌ بدنی‌ دانشگاه‌ فردوسی‌ مشهد در سال‌ 1372 با هدف‌ تربیت‌ و تأمین‌ نیروی ‌انسانی‌ متعهد ومتخصص‌ برای‌ تحقق‌ آرمانهای ‌انقلاب‌ اسلامی‌ در عرصه‌ ورزش‌ و تربیت‌ بدنی‌كشور تاسیس‌ گردید. تربیت‌ بدنی‌ یكی‌ از نظامهای‌ تربیتی‌ وعلمی‌ است‌ كه‌ از طریق‌ حركت‌ و ورزش‌، جریان‌ رشد را در تمام‌ ابعاد وجودی‌ انسان‌ تسهیل‌ وهماهنگ‌ و به‌ شكوفایی‌ و تكوین‌ استعدادهای‌ مطلوب‌ كمك‌ می‌كند.

دانشكده كشاورزی دانشگاه فردوسی مشهد درسال 1352 با هدف تأمین نیروی انسانی متخصص و ماهر در رشته های گوناگون كشاورزی تاسیس شد و از آن زمان تاكنون، این دانشكده در چارچوب فعالیت های آموزشی و پژوهشی به هدایت علمی بخش كشاورزی پرداخته است. افزایش كمی و كیفی فعالیت های تحقیقاتی، آموزشی، خدماتی و ترویج در حوزه «دانش كشاورزی» نیازمند سرمایه گذاری عقلایی، خلاقیت و به كارگیری روش های نوین است. هدف كلی تأسیس چنین دانشكده ای در شرق كشور تأمین نیروی انسانی در سطح كارشناسی، كارشناسی ارشد و دكتری جهت پیشبرد فعالیت های برنامه ریزی، تولید، تبدیل، نگهداری و توزیع محصولات كشاورزی و مواد غذایی برای جمعیت روزافزون كشور بوده است.

تلاش برای احیای معماری اسلامی سنتی-بومی ایران با تاكید بر به كارگیری تكنولوژی معاصر بوده كه با توجه به نیازهای جسمی و روحی ، آرامش و راحتی را برای انسان به همراه داشته و به تبع آن كوشش در جهت رسیدن به شهری منطبق بر الگوهای ایرانی – اسلامی در هدف مسئولان و متخصصان عرصه معماری و شهرسازی كشور بوده است. تحقق این هدف، به تربیت نیروهای متخصص و ماهر در رشته های معماری و شهرسازی نیاز دارد. از این رو، دانشگاه فردوسی، از یك سو به عنوان بزرگترین مركز دانشگاهی شرق كشور و از سوی دیگر، واقع شدن در بزرگترین كلان شهر جهان اسلام، این مهم را از سال ها پیش در اولویت برنامه‍‌ خود قرارداده بود كه سر انجام با تلاش دلسوزانه مسئولان و متخصصان معماری و شهرسازی خراسان، در مهرماه سال ۱۳۸۴موفق به تاسیس دانشكده معماری و شهرسازی گردید.

دانشكده منابع طبیعی و محیط‌زیست در بهمن ماه 1383 با موافقت شورای گسترش آموزش عالی تاسیس شد. تاسیس این دانشكده با توجه به فراوانی تنوع زیستی مناطق شمال شرق كشور و گستردگی منابع طبیعی و نیز وجود اكوسیستم های منحصر به فرد در این قسمت از كشور از اهمیت بسیار زیادی برخوردار است. دانشكده منابع طبیعی و محیط‌زیست در مهر ماه سال 1384 رسماً با پذیرش 65 دانشجو در دو رشته از رشته‌های زیر مجموعه مهندسی منابع طبیعی (مرتع و آبخیزداری و محیط‌زیست) فعالیت آموزشی خود را آغاز نمود. همچنین از ابتدای سال تحصیلی 1386 در رشته "مهندسی منابع طبیعی- مدیریت مناطق خشک و بیابانی" و از مهرماه 1391 در رشته " مهندسی منابع طبیعی-شیلات" در مقاطع کارشناسی دانشجو پذیرفته‌است. پس بازنگری و تغییراتی که در عناوین و محتوای برخی رشته ها توسط وزارت علوم صورت گرفت از مهرماه سال 1396 در رشته "مهندسی طبیعت" نیز پذیرش دانشجو در این دانشکده صورت گرفته است.

دانشکده مهندسی دانشگاه مشهد در مهر 1354 با پذیرش 30 دانشجو در رشته برق و 30 دانشجو در رشته مکانیک فعالیت خود را آغاز کرد ولی به دلیل تأمین نشدن کادر آموزشی، رشته مهندسی برق تعطیل شد و دانشجویان این رشته به دیگر دانشگاه‌ها منتقل شدند و پس از تأمین کادر آموزشی از سال 1358 بار دیگر فعالیت رشته مهندسی در رشته الکترونیک آغاز شد. به دنبال انقلاب فرهنگی در سال 1359 و با ادغام دانشکده مهندسی و دانشگاه کار و پیشه شاخه مشهد، تعداد اعضای هیأت علمی و دانشجویان آن به یکباره افزایش چشمگیری یافت. پیش از این تاریخ دانشکده مهندسی دانشگاه کار و پیشه، در سه رشته الکترونیک، الکتروتکنیک و راه و ساختمان فعالیت آموزشی داشت.