پیرو تفاهم‌نامه منعقد شده فی‌مابین دانشگاه فردوسی مشهد و بنیاد علم ایران، به منظور استفاده حداکثری از حمایت‌های مرتبط با ظرفیت‌های پژوهشی، شرایط استفاده از حمایت ویژه رساله‌های دکتری در مأموریت‌های مورد توافق با دانشگاه (حکمرانی، سلامت، سبک زندگی، آب، انرژی و محیط‌زیست، و فناوری‌های نوظهور و پیشرفته) به شرح زیر اعلام می‌گردد.
- دانشجو دکتری به صورت تمام وقت در یکی از دانشگاه‌های کشور مشغول به تحصیل بوده و آزمون جامع را با موفقیت گذرانده باشد.
- موضوع پیشنهادیه پژوهشی قبل از تصویب در قالب فرم‌های پژوهشی بنیاد ارائه گردد.
- از تاریخ دفاع از موضوع رساله دکتری تا تاریخ ثبت‌نام در سامانه بیش از ۱ سال نگذشته باشد.
- از آغاز دوره تحصیل در مقطع دکتری تا زمان ثبت‌نام بیش از ۳ سال تحصیلی نگذشته باشد.
- موضوع رساله مرتبط با اولویت‌های پژوهشی و فناوری اعلام شده از سوی بنیاد باشد(در حالت مستقل).
- متقاضی، بورسیه یا شاغل در دستگاه‌های دولتی یا بخش خصوصی نباشد.
- پیشنهادیه رساله قبلاً بصورت پیشنهادیه پژوهشی از سوی استاد راهنما و مشاور برای بنیاد و یا سایر مراکز حمایت‌کننده ارسال نشده باشد.
- استاد راهنما همزمان پیشنهادیه رساله تحت حمایت بنیاد نداشته باشد.