طبق نتایج منتشر شده توسط ISC، دانشگاه فردوسی مشهد در ارزیابی سال 99- 1398، در بازه رتبه‌ای 10-1 دانشگاه‌های جامع وزارت علوم، تحقیقات و فناوری قرار گرفت.
به گزارش معاونت برنامه ریزی و توسعه منابع دانشگاه، در رتبه‌بندی جدید با توجه به نزدیک بودن امتیازات دانشگاه‌ها، انتخاب بازه‌های رتبه‌ای به جای رتبه مطلق در اعلام نتایج مد نظر قرار گرفته است. همچنین معیارهای رتبه‌بندی از پنج معیار به شش معیار شامل آموزش (با وزن 30 درصد)، پژوهش (با وزن 25 درصد)، فناوری و نوآوری (با وزن 20 درصد)، بین‌المللی‌سازی (با وزن 10 درصد)، اثرگذاری اقتصادی (با وزن 10 درصد) و خدمات اجتماعی، زیرساخت و تسهیلات (با وزن 5 درصد) تغییر نموده است. بر این اساس دانشگاه فردوسی مشهد موفق شده است در معیار آموزش رتبه 4، معیار پژوهش رتبه 3، معیار فناوری و نوآوری و معیار بین‌المللی‌سازی رتبه 2، معیار اثرگذاری اقتصادی رتبه 1 و معیار خدمات اجتماعی، زیرساخت و تسهیلات رتبه 5 را کسب نماید.
همچنین یکی دیگر از نوآوری‌های انجام شده در نظام رتبه‌بندی جدید توسط پایگاه استنادی علوم جهان اسلام ISC، مقایسه دانشگاه‌های جامع و صنعتی با یکدیگر تحت عنوان "درهمکرد" می‌باشد. دانشگاه فردوسی مشهد در این رتبه‌بندی نیز موفق شده است در دانشگاه‌های دسته اول یعنی بازه رتبه‌ای 15-1 قرار گیرد.
مشاهده نتایج تفصیلی دانشگاه‌های برتر جامع کشور
مشاهده نتایج تفصیلی دانشگاه‌های برتر جامع و صنعتی کشور (درهمکرد)
مشاهده معیارها و شاخص‌های رتبه‌بندی ملی ISC